藥用玻璃瓶的基本形狀主要取決于所盛裝藥品的品種和數量，然后根據以下幾種方法進一步確定藥用玻璃瓶的形狀和尺寸。一是依據國家藥用包材標準化組織提供或認可的規格尺寸和造型結構確定，尤其是大批量廣泛使用的瓶子更要注意協調一致，這樣才能保證設計出的瓶子與灌裝、貼標、包裝、運輸等過程協調。二是由制造藥用玻璃瓶的廠家根據現有的瓶子結構式樣來具體規定，采用這樣的方法可以節省設計與制造費用,縮短設計周期。三是依用戶要求專為用戶設計具有特色的藥用玻璃瓶結構形狀。
以下提供一些有關設計的參考意見:
1、藥用玻璃瓶壁厚要均勻。如果結構上需要不同的壁厚，設計時應使不同厚度瓶壁的連接部分為平緩過渡區；
2、藥用玻璃瓶的棱角應設計成圓弧形。因為較尖的棱角易受機械沖擊、熱沖擊及內外載荷的作用而產生裂紋，另外，圓弧形棱角便于玻璃液料在模具中的流動與展布；
3、為提高藥用玻璃瓶的強度，通常采用在加強面表面起棱的措施。采用此法時需要注意，應使起棱的棱條形狀均勻且合理排布。用增加厚度的方法提高強度的效果并不好，增加壁厚會增加瓶罐的重量，延長制品在模內的停留時間和冷卻時間，從而使成型周期變長，生產效率下降0防止瓶罐壁翹曲。可以采用起棱的措施或在有關瓶壁部位設計溝紋，或采用波紋面、曲面等。
4、在設計時可以為標簽、商標預留加貼位置，將貼標簽或商標的位置略凹入瓶罐表面，以保護標簽與商標。